光纖類型不匹配是指OTDR的引導光纖與被測光纖的芯徑不同。此時，會造成光纖豎軸測量結果不準確(即光纖接頭、損耗等)，但橫軸測量準確。
產生光纖類型不匹配的原因，是當光從芯徑小的光纖入射到芯徑較大光纖時，大芯徑光纖不能被入射光線完全充滿，于是在損耗參數上引起了測量誤差。
消除光纖類型不匹配的方法是正確選擇儀表的引導光纖，使被測光纖與引導光纖相匹配。例如，使用單模引導光纖測單模光纖，使用多模引導光纖測多模光纖;或者，根據被測光纖的類型和尺寸，選擇對應的引導光纖。
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